Στο μουσείο στεγάζονται ευρήματα από τις σημαντικές θέσεις Χώρα και Παλαμάρι της Πρωτοελλαδικής περιόδου και από τα νεκροταφεία στα Μαγαζιά της Πρωτογεωμετρικής εποχής. Επίσης συλλογές κεραμικής και γλυπτά από την Μυκηναϊκή μέχρι την Ρωμαϊκή περίοδο.Τα πλέον χαρακτηριστικά εκθέματα είναι το κυπριακής καταγωγής φλασκί, η αττική γεωμετρική πυξίδα με ολόγλυφα ιππάρια στο πώμα και το ζωόμορφο ρυτό (τελετουργικό αγγείο) σε σχήμα ίππου. Το μουσείο φιλοξενεί και τη σπουδαία λαογραφική Συλλογή της Λ. Κωστίρη εις μνήμη του αδερφού της αρχαιολόγου Ι. Παπαδημητρίου, που αντιγράφει το σκυριανό σπίτι.